El medio estatal Global Times acusó al futbolista y a su club, Inter Miami, de tener "motivos políticos" con el objetivo de "avergonzar" a Hong Kong.
Messi permaneció en el banquillo durante todo el partido del domingo en la región administrativa especial china, alegando lesión.
El partido del miércoles en Tokio llevó a algunos fanáticos a cuestionar si realmente estaba lesionado.
Unos 38.000 aficionados en el Estadio de Hong Kong abuchearon y exigieron reembolsos cuando el copropietario de Inter Miami, David Beckham, se dirigió a la multitud al final del partido del domingo. Habían pagado hasta HK$4,880 (£494; $624) para ver al superastro argentino de 36 años.
Justo el año pasado, Messi recibió una bienvenida de estrella de rock en Pekín cuando jugó para su país en un amistoso contra Australia. Algunos 68.000 fanáticos pagaron hasta $680 por la oportunidad de verlo en acción.
Kevin Yeung, secretario de cultura, deportes y turismo de Hong Kong, dijo que a los funcionarios gubernamentales se les había dicho repetidamente que Messi jugaría. Pero a falta de 10 minutos para el final del partido, les informaron que una lesión en el aductor del tendón de la corva le impediría jugar.
"Inmediatamente les pedimos que exploraran otros remedios, como que Messi apareciera en el campo para interactuar con sus fanáticos y recibir el trofeo", dijo Yeung.
El jefe ejecutivo del territorio, John Lee, dijo estar extremadamente decepcionado por la ausencia de Messi y pidió una explicación a los organizadores del partido.
Otros funcionarios como la legisladora de Hong Kong Regina Ip también reaccionaron con furia, afirmando que "los hongkoneses odian a Messi, a Inter-Miami y a la mano negra detrás de ellos" por el "desaire deliberado y calculado".
El organizador del partido, Tatler Asia, dijo en un comunicado que Messi había sido contratado para jugar, a menos que estuviera lesionado. Agregó que retiraba su solicitud de una subvención del gobierno de HK$16 millones. El partido había sido designado como un evento deportivo importante, lo que permitía a los organizadores acceder a financiamiento gubernamental.
El mismo día que el partido amistoso en Japón, Messi dijo que "lamentaba" no poder jugar en Hong Kong debido a una lesión en la ingle "inflamada y dolorosa". "Espero que algún día tengamos la oportunidad de regresar y dar lo mejor de nosotros a nuestros fanáticos y amigos en Hong Kong", dijo en una conferencia de prensa televisada.
Su publicación en la red social china Weibo explicando por qué no había podido jugar en Hong Kong hasta ahora ha recibido unos 142.000 comentarios. Si bien algunos fueron de apoyo, muchos reaccionaron con enojo, llamando al argentino "estafador" y "basura". Otros acusaron al argentino de solo querer ganar dinero de los fanáticos chinos, mientras que adulaba a los japoneses.
"No necesitas disculparte, simplemente no vuelvas a venir a China. Solo porque juegues bien al fútbol no significa que seas una buena persona", dijo un internauta.